A RPPN Estação Veracel possui 302 espécies de aves. Dessas, 21 foram enquadradas nas categorias ameaçadas, vulneráveis ou quase ameaçadas pela lista do Instituto Brasileiro de Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama). De acordo com a BirdLife/Save-Brasil, a RPPN Estação Veracel é considerada uma "área importante para a conservação de aves no Brasil".

Há espécies de aves que se fixam somente nas muçunungas, formação de fronteiras mais definidas, com árvores de pequeno porte e espaçadas. É o caso da patativa (Sporophila leucoptera) e da tesourinha-do-campo (Tyrannus savana). Já outras espécies, como o dançador-de-cabeça-encarnada (Pripa rubrocapila) e dançador-de-cabeça-branca (Pipra pipra), o tangará-rajado (Machaeropterus regulus), preferem exclusivamente a vegetação mais úmida das galerias. Existem ainda espécies restritas aos brejos - como a andorinha-do-rio (Tachycineta albiventris) e a saracura-lisa (Amaurolimnas concolor).