Alguns animais que viviam na área da Estação Veracel já estão extintos, como o bugio (Allouata fusca) e o mutum-do-sudeste (Crax blumenbachii). Atualmente, animais como a onça-pintada (Panthera onca) estão no limiar de extinção.

Uma das mais belas espécies ameaçadas é a harpia (Harpia harpyia), considerada extinta na maioria das regiões extra-amazônicas, porém ainda ocorre na área da RPPN Estação Veracel. A borboleta Heraclides himeros baia, subespécie rara da família Papilionidae, também corre o risco de desaparecer.

Para conhecer mais animais ameaçados de extinção e o tráfico de animais silvestres, visite os sites www.renctas.org.br e www.ibama.gov.br