A anta (Tapirus terrestris), a onça-pintada (Panthera onca) e o ouriço-preto (Chaetomys subspinosus) são algumas das espécies localmente extintas em outras regiões da Mata Atlântica que ainda são encontradas na Estação Veracel.

Todas as espécies de primatas com ocorrência na reserva são consideradas ameaçadas de extinção. Entre os primatas, podemos citar sagüi-da-cara-branca (Callithrix geoffroyi), macaco-preto (Cebus robustus) e guigó (Callicebus melanochir).