A Estação destaca-se entre as 20 áreas com maior diversidade arbórea do mundo. A região já foi chamada de "hiléia baiana", uma vez que paralelamente aos elementos típicos da Mata Atlântica, apresenta espécies com características da Floresta Amazônica, como, ingá-mirim (Ingá sp), sapucaia (Lecythis sp) e palmito-juçara (Euterpe edulis). São 308 espécies, arbóreas, incluindo árvores centenárias como pau-brasil (Caesalpinia echinata), jacarandá (Dalbergia nigra), pequi-preto (Caryocar edule Cassaretoo) e jatobá (Hymenaea sp).

Existe também uma grande variedade de árvores lenhosas, palmeiras, orquídeas, cipós, helicônias e bromélias.

Entre as formações vegetais que ocorrem na RPPN Estação Veracel, destacam-se a mussununga, apresentando solo arenoso e úmido com composição vegetal herbáceo-arbustivo. Além disso, há florestas de tabuleiro que são assim denominadas devido à ocorrência nos platôs, bem como as matas de galeria, que são formações típicas dos vales que entrecortam os tabuleiros.