Projeto Harpia na Mata Atlântica
Em 2007 iniciaram-se as parceiras com a ONG SOS Falconiformes, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA), Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio), Associação Brasileira dos Falcoeiros e Preservação de Aves de Rapina (ABFPAR) e Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE) para dar continuidade ao projeto Harpia na Mata Atlântica. Esse projeto tem três objetivos:

• Estudar as harpias de vida livre que habitam os fragmentos florestais da RPPN Estação Veracel, Estação Pau-Brasil e do Parque Nacional do Pau-Brasil;
• Sensibilizar as comunidades, principalmente do entorno da RPPN Estação Veracel e do Parque Nacional do Pau-Brasil, sobre a importância ecológica dessa espécie e sua conservação;
• Tentativa de soltura de um individuo que se encontra cativo na RPPN Estação Veracel.

Em maio de 2008, outra harpia, encontrada por fazendeiros da região e resgatada pelo IBAMA, foi solta no Parque Nacional do Pau-brasil, após passar pela avaliação dos pesquisadores do projeto. Ela tornou-se a primeira harpia adulta e o segundo animal no Brasil a ser monitorado via satélite.

Monitoramento de mamíferos de médio e grande porte
Desde dezembro de 2007, está sendo desenvolvido um estudo para monitorar as espécies de mamíferos de médio e grande porte existentes na RPPN Estação Veracel. O monitoramento é realizado por meio de um método não-intrusivo, com o uso de armadilhas fotográficas. Foram instaladas 16 dessas armadilhas na Estação. Até o momento, já foram identificadas 16 especies de mamíferos, incluindo a paca (Agouti paca), o caititu (Tayassu tajacu), a onça-parda (Puma concolor), o gato-do-mato (Leopardus wiedii), a anta (Tapirus terrestris) e o quati (Nasua nasua). O projeto pretende demonstrar a importancia da RPPN Estação Veracel para a conservação de populações de mamíferos e seu monitoramento.

Levantamento de entomofauna
Desde abril de 2008, está sendo desenvolvido, em parceria com o Instituto de Pesquisas Florestais (IPEF) e a Universidade Estadual Paulista (UNESP), um projeto de pesquisa para o levantamento populacional de insetos que ocorrem na RPPN Estação Veracel. O estudo busca entender a dinâmica populacional das principais espécies e conhecer a comunidade desses insetos nas diferentes formações florestais da RPPN, além de estruturar uma coleção entomológica de referencia na reserva e outra no Centro de Visitantes.